Prezime Munjaković se danas može pronaći diljem Republike Hrvatske. Dio nositelja prezimena nosi inačicu izvorno možda izvedenu iz glagola „mútiti”, paralelno s prezimenom Mutnjaković, ali uz eliziju odnosno gubitak glasa ⟨t⟩. Tako tumačenoj etimologiji vjerojatno pripadaju većinom nositelji tog prezimena van Zagreba i njegove okolice na ovoj karti (uključujući u susjednim državama).

Druga varijanta prezimena Munjaković, pretežito rasprostranjena na području Zagreba, odnosno u istočnom dijelu zagrebačkog Prigorja, nalazi najvjerojatnije svoj izvor u osobnom imenu te kasnije i prezimenu, a ima korijene najkasnije u 16. stoljeću upravo u istom naselju u kojem je i dandanas najrasprostranjenije.

U radu „Popisi i obračuni poreza u Hrvatskoj u XV i XVI stoljeću” (Adamček & Kampuš, 1976), koji koristi kao temelj popis domaćinstava sjeverozapadne Hrvatske nastao 1598. godine, moguće je vidjeti popis stanovnika — kako seljaka, tako inkvilina i preostalih slojeva. Rad koristi izvorni zapis na latinskom jeziku pisan mađarskom ortografijom, što u nekim slučajevima malo otežava čitanje. Tako je npr. prezime Kuzmić zapisano kao „Kwzmych”, a Ferenčak kao „Fernchah”. Na 394. stranici njihovog djela vidi se zapis o kolonu (lat. colonus) imena „Juraj Munjak” (lat. Georgius Munyak), naseljenog u Žerjavincu (lat. Seryawyncz).

Iz navedenog se može zaključiti da je potonja varijanta prezimena Munjaković patronimik, te da je najvjerojatnije nastalo iz prezimena „Munjak”, uz posvojni sufiks -ov, a zatim i deminutivni sufiks -ić kao što je i uvriježena praksa na ovim područjima.

Izvor prezimena „Munjak” je pak nepoznat.